SARKOMA KAPOSI

Sarkoma Kaposi (KS) adalah penyakit mirip kanker. Awalnya KS ini dikenal sebagai penyakit yang mempengaruhi laki-laki usia lanjut di daerah Eropa Timur atau Laut Tengah. KS juga terjadi pada laki-laki Afrika dan orang dengan sistem kekebalan tubuh yang lemah. Penyebab KS tertinggi sekarang adalah infeksi HIV. Kalau kita mengalami KS terkait HIV, kita dianggap AIDS.

Sarkoma Kaposi adalah tumor yang disebabkan oleh virus human herpesvirus 8 (HHV8). Sarkoma Kaposi pertama kali dideskripsikan oleh Moritz Kaposi, seorang ahli ilmu penyakit kulit Hongaria di Universitas Wina tahun 1872. Sarkoma Kaposi secara luas diketahui sebagai salah satu penyakit yang muncul akibat dari AIDS pada tahun 1980-an.

Penyakit ini biasanya dilihat pada kulit, atau dalam lapisan mulut, hidung, atau mata. KS juga dapat menyebar pada paru, hati, perut dan usus, dan kelenjar getah bening. KS mencakup perkembangan banyak pembuluh darah baru yang sangat tipis. Proses ini disebut angiogenesi.

PURPURA SEKUNDER

ITP adalah singkatan dari Idiopathic Thrombocytopenic Purpura. Idiopathic berarti tidak diketahui penyebabnya. Thrombocytopenic berarti darah yang tidak cukup memiliki keping darah (trombosit). Purpura berarti seseorang memiliki luka memar yang banyak (berlebihan). Istilah ITP ini juga merupakan singkatan dari Immune Thrombocytopenic Purpura. (Family Doctor, 2006). Berdasarkan etiologi,ITP dibagi menjadi 2 yaitu primer (idiopatik) dan sekunder.

Untuk menyingkirkan kemungkinan idiophatic thrombocytopenia purpura (ITO) sekunder

· Anamnesis:

o Riwayat obat-obatan (heparin, alkohol, sulfonamides,kuinidin/kuinin, aspirin) dan bahan kimia - Gejala sistemik: pusing, demam, penurunan berat badan

o Gejala penyakit autoimun: artralgia, rash kulit, rambut rontok

o Riwayat perdarahan (lokasi, banyaknya, lamanya), resiko infeksi HIV, status kehamilan, riwayat transfusi,riwayat pada keluarga (trombositopenia, gejala perdarahan dan kelainan autoimun)

o Penyakit penyerta yang dapat meningkatkan risiko perdarahan (kelainan gastrointestinal, sistem saraf pusat dan urologi

o Kebiasaan/hobi: aktivitas yang traumat

Read more " ..."

Gen, DNA, dan Kromosom

Gen, DNA, dan Kromosom

A. Gen

Gen adalah unit heriditas suatu organisme hidup. Bentuk fisik dari gen adalah urutan DNA yang menyandi suatu protein, polipeptida, atau seuntai RNA yang memiliki fungsi bagi organisme yang memilikinya. Gen dikode dalam material genetik organisme yang dikenal sebagai molekul DNA atau RNA. Ekspresinya dipengaruhi oleh lingkungan internal maupun eksternal, seperti perkembangan fisik atau perilaku dari organisme itu.

Struktur gen :

1. Domain regulasi inisiasi transkripsi, yang terdiri antara lain: deret GCCACACCC, ATGCAAAT, kotak GC, kotak CCAAT, dan kotak TATA.

2. Intron.

3. Ekson.

4. Domain regulasi akhir transkripsi.

Gen tersusun atas daerah urutan basa nukleotida, baik yang mengkode suatu informasi genetik (coding-gene region as exon) dan juga daerah yang tidak mengkode informasi genetik (non-coding-gene region as intron). Gen diwariskan oleh satu individu kepada keturunannya melalui suatu proses reproduksi bersama-sama dengan DNA yang membawanya.

Gen memiliki bentuk-bentuk alternatif yang dinamakan alel. Ekspresi dari alel dapat serupa, tetapi istilah alel lebih sering digunakan untuk ekspresi gen yang secara fenotipik berbeda.

Pada dasarnya, gen adalah bagian dari kromosom yang semuanya ada dalam DNA. Semua gen terdiri dari DNA namun tidak semua DNA adalah gen.

B. DNA

DNA adalah sejenis asam nukleat yang tergolong biomolekul utama penyusun berat kering setiap organisme. Di dalam sel umumnya DNA terletak di dalam inti sel. Secara garis besar, peran DNA di dalam sebuah sel adalah sebagai materi genetik. Artinya, DNA menyimpan cetak biru bagi segala aktivitas sel. Ini berlaku umum bagi setiap organisme.

DNA merupakan polimer yang terdiri dari tiga komponen utama yaitu:

1. Gugus fosfat.

2. Gula deoksiribosa (gula pentosa, berkarbon lima).

3. Basa nitrogen, yang terdiri dari:

a. Adenin (A)

b. Guanine (G)

c. Sitosin (C), dan

d. Timin (T)

Sebuah unit monomer DNA yang terdiri dari ketiga komponen tersebut dinamakan nukleotida, sehingga DNA tergolong sebagai polinukleotida.

DNA terbentuk dari empat tipe nukleotida, yang berikatan secara kovalen membentuk rantai polinukleotida (rantai DNA atau benang DNA) dengan tulang punggung gula-fosfat tempat melekatnya basa-basa. Dua gugus gula terhubung dengan fosfat melalui ikatan fosfodieter antara atom karbon ketiga pada cincin satu gula dan atom karbon kelima pada gula lainnya.

DNA terdiri atas dua untai yang berpilin membentuk struktur heliks ganda. Dua rantai polinukleotida saling berikatan melalui ikatan hydrogen antara basa-basa nitrogen dari rantai yang berbeda. Semua basa berada di dalam double helix dan tulang punggung gula-fosfat berada dibagian luar.purin selalu berpasangan dengan pirimidin (A-T, G-C). Perpasangan secara komplemen tersebut memungkinkan pasangan basa dikemas dengan susunan yang paling sesuai. Hal ini bisa terjadi bila kedua rantai polinukleotida tersusun secara antiparalel.

C. Kromosom

Kromosom merupakan struktur di dalam sel berupa deret panjang molekul yang terdiri dari satu molekul DNA dan berbagai protein terkait yang merupakan informasi genetik suatu organisme, seperti molekul kelima jenis histon dan faktor transkripsi yang terdapat pada beberapa deret, dan termasuk gen unsure regulator dan sekuens nukleotida. Kromosom yang berada di dalam nukleus sel eukariota secara khusus disebut kromatin.

Kata kromosom berasal dari bahasa Yunani χρῶμα (chroma, warna) dan σῶμα (soma, tubuh). Kromosom bervariasi antara berbagai organisme. Kromosom adalah molekul yang terdiri dari sebuah untai DNA yang sangat panjang, digulung berkali-kali, dan beberapa protein yang disebut histon yang memegang seluruh struktur bersama-sama.

Gen dikemas dalam bundel yang disebut kromosom. Manusia memiliki 23 pasang kromosom (untuk total 46). Yang salah satunya adalah 1 pasang kromosom seks dan 22 pasang lainnya adalah kromosom autosom.

Kromosom itu struktur makromolekul yang berisi DNA dimana informasi genetik dalam sel disimpan. Kromosom ditemukan pada awal abad ke 19 yang merupakan struktur seperti benang pada nukleus sel eukariot yang nampak pada saat sel mulai membelah. Kromosom berjumlah diploid pada setiap selnya, dan pada autosomal maupun seks-kromosom membawa gen-gen yang berpasangan kecuali pada kromosom-Y.

Setiap kromosom memiliki dua lengan, yang pendek disebut lengan p (dari bahasa Perancis petit yang berarti kecil) dan lengan yang panjang disebut lengan q (q mengikuti p dalam alfabet).

Daftar Pustaka

1. http://id.wikipedia.org/wiki/Gen

2. http://id.answers.yahoo.com/question/index?qid=20081124045434AAJESu3

3. http://inherent.brawijaya.ac.id/biomol/materi/ebook2.pdf

4. http://translate.google.co.id/translate?hl=id&langpair=en|id&u=http://rarediseases.about.com/od/geneticdisorders/a/genesbasics.htm

5. http://tanyasaja.detik.com/pertanyaan/33644-apakah-perbedaan-antara-dna-gen-kromosom-

6. http://id.wikipedia.org/wiki/Asam_deoksiribonukleat

7. http://translate.googleusercontent.com/translate_c?hl=id&langpair=en|id&u=http://www.scienceclarified.com/Ca-Ch/Chromosome.html&rurl=translate.google.co.id&usg=ALkJrhhZ7j1bU87YzwhEhthcF8xgZt5nFg

8. http://id.wikipedia.org/wiki/Kromosom

Read more "Gen, DNA, dan Kromosom..."

Laporan Isolasi DNA

Tujuan :

Untuk menentukan kemurnian dan konsentrasi DNA terhadap dua parameter, yaitu garam dan protein.

Prinsip :

Sel dipecah untuk mendapatkan DNA, kemudian DNA diikatkan dalam suatu fasa padat, yaitu silica. Setelah itu dilakukan penghilangan pengotor dengan pencucian menggunakan buffer, kemudian dielusi.

Dasar Teori :

Deoxyribonucleic acid (DNA) isolasi adalah proses ekstraksi DNA dari berbagai sumber. Sumber untuk isolasi DNA sangat beragam. Pada dasarnya dapat diisolasi dari organisme hidup atau mati. Sumber-sumber umum untuk isolasi DNA meliputi seluruh darah, rambut, sperma, tulang, kuku, jaringan, noda darah, air liur, bukal (pipi) kapas, sel epitel, urin.

Metode yang digunakan untuk mengisolasi DNA tergantung pada sumber, umur, dan ukuran sampel. Meskipun berbagai metode yang digunakan ada beberapa kesamaan di antara mereka. Secara umum, mereka bertujuan untuk menyajikan DNA terpisah dalam inti sel dari komponen seluler lainnya.

Isolasi DNA diperlukan untuk analisis genetik, yang digunakan untuk tujuan ilmiah, medis, atau forensik. Para ilmuwan menggunakan DNA di sejumlah aplikasi, seperti pengenalan DNA ke dalam sel dan binatang atau tanaman, atau untuk tujuan diagnostik. Dalam obat aplikasi yang terakhir adalah yang paling umum. Di sisi lain, ilmu forensik perlu memulihkan DNA untuk identifikasi individu (bagi pemerkosa misalnya, pencuri kecil, kecelakaan, atau korban perang), penentuan ayah, dan pabrik atau identifikasi hewan.

Keberadaan protein, lipid, polisakarida dan beberapa senyawa organik atau anorganik lainnya dalam penyusunan DNA dapat mengganggu metode analisis DNA, khususnya dengan reaksi rantai polimerase (PCR). Mereka juga dapat menurunkan mutu DNA yang mengarah ke penyimpanan yang lebih pendek. Setelah itu, melalui aplikasi dari deterjen, protein dan lipid selular terpisah jauh dari DNA.

Isolasi DNA biasanya dimulai dengan lisis atau rusaknya jaringan atau sel. Proses ini sangat penting untuk penghancuran struktur protein dan memungkinkan untuk pelepasan asam nukleat dari inti. Lisis dilakukan dalam larutan garam, deterjen yang mengandung protein denaturasi atau protease (enzim mencerna protein), seperti proteinase K. Hal ini mengakibatkan kerusakan sel dan melarutkan membran. Isolasi DNA adalah sebuah proses yang sederhana.

Sejumlah kit pemurnian DNA menggunakan prinsip-prinsip komersial yang sama tapi reagen berbeda. Dalam kit komersial solusi lisis umum mengandung: natrium klorida, trometamin (juga dikenal sebagai Tris), yang merupakan buffer untuk mempertahankan pH konstan, asam ethylenediaminetetraacetic (EDTA) yang mengikat ion logam, dan natrium sulfat dodesil (SDS) yang adalah deterjen. Sebuah enzim yang umum digunakan dalam ekstraksi DNA adalah proteinase K.

Metode tertua pemurnian DNA di laboratorium, masih sering digunakan juga, mengandalkan campuran pelarut organik. Sampel yang sudah lisis dicampur dengan fenol, kloroform, dan isoamylalcohol untuk pemisahan DNA dan protein. Protein didenaturasi dengan campuran organik. Ketika sampel disentrifugasi, DNA dipertahankan dalam air lapisan, fenol di bagian bawah tabung, dan protein didenaturasi membentuk antarmuka berawan. Metode ini sangat efisien, tetapi sayangnya hanya dapat digunakan jika jumlah bahan awal cukup melimpah. Selain itu, pelarut organik yang digunakan membawa masalah kesehatan dan keselamatan. Kualitas DNA dari prosedur ini biasanya tidak cukup untuk beberapa teknik analitis lebih sensitif (terutama sequencing dan kadang-kadang PCR).

Sebuah modifikasi metode menggunakan garam tinggi (natrium klorida, NaCl) konsentrasi untuk menurunkan DNA. Setelah denaturasi protein selular yang menggunakan deterjen dan protease untuk beberapa jam atau semalam, garam ditambahkan dan dicampur dengan solusinya. Akibatnya, garam asam nukleat terbentuk dan di hadapan alkohol dapat dipulihkan dengan sentrifugasi.

Kadang-kadang, denaturasi alkali sampel digunakan untuk melepaskan DNA dari sel. Usapan bukal dan kadang-kadang noda darah dapat ditempatkan dalam tabung plastik kecil (eppendorfs) dan mengalami denaturasi dengan sodium hidroksida (NaOH). Solusi tersebut kemudian kembali ke pH netral ekuilibrasi dengan larutan buffer lebih asam dan siap untuk PCR. Meskipun metode yang cepat dan sederhana, kualitas DNA tidak selalu cukup untuk semua aplikasi.

Sebuah metode yang mirip dengan basa denaturasi adalah denaturasi panas, dicapai dengan merebus sampel. Pemanasan sampel untuk 100 ° C DNA rilis ke solusi, tetapi juga denaturasi dengan memisahkan kedua untai. Dalam beberapa kasus prosedur ini memberikan asam nukleat yang memadai yang dapat diamplifikasi dengan PCR. Namun, sebagian besar masih ada sisa inhibitor dalam bentuk protein terdegradasi, senyawa organik lainnya, atau ion.

Sebuah metode terkait digunakan di laboratorium forensik umumnya menggunakan resin pertukaran ion Chelex yang mengikat ion logam multivalent dan ini bermanfaat dalam menghilangkan inhibitor dari DNA. Hal ini dapat digunakan dengan semua jenis sampel, termasuk darah utuh, noda darah, noda mani, kapas bukal, atau bulu. Satu-satunya perbedaan dari metode sebelumnya adalah adanya resin, yang mengikat kotoran dari solusi, sedangkan DNA yang tertinggal dalam solusi. Dengan pemusingan sampel, resin dibawa ke pellet dan terpisah.

Metode lain yang mirip dengan Chelex bergantung pada penggunaan manik-manik paramagnetik dengan kapasitas pengikatan DNA. Sampel yang lisis dan kemudian bahan padat diperlakukan dengan proteinase K. Lisat kemudian diaplikasikan ke manik-manik. Resin selanjutnya dicuci dan DNA eluen itu pada 65°C, manik-manik magnetik dipisahkan dari sampel di atas meja magnetik.

Metode lainnya untuk pemurnian DNA melibatkan berbagai macam kolom, yang dikemas dengan pertukaran ion, atau resin berbasis silika atau matriks. Kolom pertukaran Ion umumnya bermuatan positif untuk mengikat DNA bermuatan negatif; matriks silika juga diisi dan juga dapat mempertahankan DNA. Dalam aplikasi seperti DNA dari lisat seluler diharapkan untuk mengikat ke kolom. Kolom ini kemudian dicuci menggunakan solusi garam untuk menghapus materi terikat. Asam nukleat kemudian pulih dengan menggunakan air atau larutan garam pH netral untuk memecah ikatan resin-DNA.

Penggunaan kolom memungkinkan peningkatan throughput sampel, waktu yang lebih singkat dibandingkan dengan isolasi ekstraksi pelarut berbasis tradisional, peningkatan hasil panen DNA pulih, dan peningkatan kualitas DNA dimurnikan.

Selain kolom dan resin telah dijelaskan sebelumnya, ada juga resin cair yang digunakan. Prinsipnya adalah sama seperti untuk manik-manik magnetik, tapi pada langkah terakhir sampel harus berputar ke DNA terpisah dari resin.

Semua metode ini berhasil digunakan di berbagai laboratorium dan dengan berbagai contoh. Metode harus benar dipilih untuk mengoptimalkan hasil dan kualitas DNA diekstraksi.

Alat & Bahan :

Bahan : Alat :

1. Darah 1. Gene quant

2. Binding Buffer 2. Mixer “Maxi mix plus”

3. Proteinase K 3. Centrifuge

4. Isopropanol 4. Microtube

5. Inhibitor Removal Buffer 5. Collection tube

6. Wash Buffer 6. Mikropipet

7. Elution Buffer

8. Double Destilat H₂O

Prosedur :

1. Dipipet 200µL sampel darah, dimasukkan kedalam microtube.

2. Ditambah 200µL Binding Buffer dan 40µL Proteinase K, dihomogenkan menggunakan mixer.

3. Diinkubasi pada suhu 70ºC selama 10 menit.

4. Ditambah 100µL isopropanol, dihomogenkan menggunakan mixer.

5. Dipipet seluruh sampel, dipindahkan ke dalam collection tube, kemudian dicentrifugasi 8000g selama 1 menit.

6. Dibuang flowthrough dan collection tube, silica dimasukkan ke dalam collection tube baru.

7. Ditambahkan 500µL inhibitor removal buffer, dicentrifugasi 8000g selama 1 menit.

8. Dibuang flowthrough dan collection tube, silica dimasukkan ke dalam collection tube baru.

9. Ditambahkan 500µL wash buffer, dicentrifugasi 8000g selama 1 menit.

10. Dibuang flowthrough dan collection tube, silica dimasukkan ke dalam collection tube baru.

11. Ditambahkan 500µL wash buffer, dicentrifugasi pada kecepatan penuh selama 10 detik.

12. Dibuang flowthrough dan collection tube, silica dimasukkan ke dalam mikrotube.

13. Ditambahkan 200µL Elution buffer yang sudah dipanaskan, dicentrifugasi 8000g selama 1 menit dan didapat isolat DNA.

14. Untuk pengujian konsentrasi dan kemurnian, DNA harus diencerkan 1/10 kali dengan dipipet 7µL isolat DNA, ditambah 63µL DD H₂O.

15. Kemudian dibaca absorbance pada alat Gene Quant terhadap garam dan protein yang dibaca pada panjang gelombang 260nm untuk DNA, 230nm untuk garam dan 280nm untuk protein.

16. Dicatat hasil.

Hasil :

§ Concentration : 22,85 µg/mL

§ 230 : 0,524A

§ 280 : 0,399A

§ 260 : 0,457A

§ 260/230 : 0,872

§ 260/280 : 1,145

Pembahasan :

Berdasarkan praktikum didapat hasil kemurnian isolasi DNA terhadap protein adalah 1,145. Sedangkan berdasarkan teori hasil kemurnian isolasi DNA harus berada pada rentang 1,6 sampai 2,00. Hal ini mungkin disebabkan karena masih terdapat pengotor-pengotor, debris-debris yang tidak dibutuhkan, kontaminasi protein, dan sampel yang digunakan bukan sampel baru yang masih segar melainkan sampel yang sudah lama. Sehingga menghasilkan pemurnian DNA dibawah 1,6. Oleh karena itu, sebaiknya sampel harus dimurnikan ulang. Tetapi untuk tolerir karena sampel yang digunakan sudah lama maka masih dapat digunakan untuk pemeriksaan selanjutnya.

Kesimpulan :

Berdasarkan praktikum, dari hasil isolasi DNA didapat concentration 22,85 µg/mL, kemurnian terhadap protein 1,145, dan kemurnian terhadap garam 0,872. Dari hasil tersebut, isolat DNA masih dapat digunakan untuk pemeriksaan selanjutnya.

Daftar Pustaka :

1. http://en.wikipedia.org/wiki/DNA_extraction

2. http://www.moleculardevices.com/pages/reagents/picopure_dna.html

3. http://serc.carleton.edu/15925

Read more "Laporan Isolasi DNA..."